bioinfo:계통수_작성하기
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bioinfo:계통수_작성하기 [2023/08/12 18:24] – [Species level을 벗어나는 genome의 MSA를 얻으려면 - ezTree] hyjeong | bioinfo:계통수_작성하기 [2025/02/23 12:57] (current) – [Species level을 벗어나는 genome의 MSA를 얻으려면 - ezTree] hyjeong | ||
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===== Species level을 벗어나는 genome의 MSA를 얻으려면 - ezTree ===== | ===== Species level을 벗어나는 genome의 MSA를 얻으려면 - ezTree ===== | ||
- | Roary는 하나의 species에 속하는 균주 유전체를 대상으로 core gene group을 동정한 뒤 이로부터 MSA를 생성해 낸다. 만약 분석 대상 미생물이 여러 species에 걸쳐 있다면 core gene이 잘 형성되지 않으므로 원하는 결과를 얻기 어렵다. 나는 이러한 상황에서는 [[https:// | + | Roary는 하나의 species에 속하는 균주 유전체를 대상으로 core gene group을 동정한 뒤 이로부터 MSA를 생성해 낸다. 만약 분석 대상 미생물이 여러 species에 걸쳐 있다면 core gene이 잘 형성되지 않으므로 원하는 결과를 얻기 어렵다. 나는 이러한 상황에서는 [[https:// |
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#30개 스레드를 사용한다. | #30개 스레드를 사용한다. | ||
- | $ nohup ./ | + | |
+ | # Ryzen server: / | ||
+ | (base) | ||
$ ls -l | grep run_230812 | $ ls -l | grep run_230812 | ||
-rw-rw-r-- 1 hyjeong hyjeong 7941159 | -rw-rw-r-- 1 hyjeong hyjeong 7941159 | ||
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drwxrwxr-x 2 hyjeong hyjeong | drwxrwxr-x 2 hyjeong hyjeong | ||
+ | Newick 파일에서 각 leaf label은 최초에 투입한 FASTA file명(예: | ||
===== MSA로부터 newick file 만들어 보기 ===== | ===== MSA로부터 newick file 만들어 보기 ===== | ||
bioinfo/계통수_작성하기.1691832248.txt.gz · Last modified: 2023/08/12 18:24 by hyjeong