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bioinfo:계통수_작성하기

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bioinfo:계통수_작성하기 [2025/02/20 17:52] – [Species level을 벗어나는 genome의 MSA를 얻으려면 - ezTree] hyjeongbioinfo:계통수_작성하기 [2025/02/23 12:57] (current) – [Species level을 벗어나는 genome의 MSA를 얻으려면 - ezTree] hyjeong
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 ===== Species level을 벗어나는 genome의 MSA를 얻으려면 - ezTree ===== ===== Species level을 벗어나는 genome의 MSA를 얻으려면 - ezTree =====
-Roary는 하나의 species에 속하는 균주 유전체를 대상으로 core gene group을 동정한 뒤 이로부터 MSA를 생성해 낸다. 만약 분석 대상 미생물이 여러 species에 걸쳐 있다면 core gene이 잘 형성되지 않으므로 원하는 결과를 얻기 어렵다. 나는 이러한 상황에서는 [[https://github.com/yuwwu/ezTree|ezTree]]를 애용한다. 인용도 많이 된다거나 지속적인 업데이트가 이루어지는 인기 있는 소프트웨어는 아니지만, 작동 원리가 간단하기 때문이다. ezTree는 pre-defined single-copy marker에 의존하지 않는다. 입력 유전체 서열(gene prediction을 자체적으로 실시하여 proteome set로 전환하여 사용)로부터 PFAM profile annotation을 거쳐 직접 single-copy marker gene set을 찾아낸다. 상세한 원리는 2018년도에 발표된 [[https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-017-4327-9|논문]]을 사용하기 바란다. ezTree 원본은 PFAM 검색 작업이 병렬화되지 않아서 계산에 많은 시간이 소요된다. 따라서 병렬화가 가능하도록 수정한 스크립트를 만들게 되었다. 이 파일 묶음({{:bioinfo:eztree_modified.zip|zipped}})를 풀어서 나오는 Perl script 2개를 작업 디렉토리에 복사한 뒤 실행 권한을 주고 다음 설명대로 활용하기 바란다. ezTree 실행에 필요한 다른 dependency의 설치는 [[https://github.com/yuwwu/ezTree|ezTree GitHub 웹사이트]]를 참조하라.+Roary는 하나의 species에 속하는 균주 유전체를 대상으로 core gene group을 동정한 뒤 이로부터 MSA를 생성해 낸다. 만약 분석 대상 미생물이 여러 species에 걸쳐 있다면 core gene이 잘 형성되지 않으므로 원하는 결과를 얻기 어렵다. 나는 이러한 상황에서는 [[https://github.com/yuwwu/ezTree|ezTree]]를 애용한다. 인용도 많이 된다거나 지속적인 업데이트가 이루어지는 인기 있는 소프트웨어는 아니지만, 작동 원리가 간단하기 때문이다. ezTree는 pre-defined single-copy marker에 의존하지 않는다. 입력 유전체 서열(gene prediction을 자체적으로 실시하여 proteome set로 전환하여 사용)로부터 PFAM profile annotation을 거쳐 직접 single-copy marker gene set을 찾아낸다. 상세한 원리는 2018년도에 발표된 [[https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-017-4327-9|논문]]을 사용하기 바란다. ezTree 원본은 PFAM 검색 작업이 병렬화되지 않아서 계산에 많은 시간이 소요된다. 따라서 병렬화가 가능하도록 수정한 스크립트를 만들게 되었다. 이 파일 묶음({{:bioinfo:eztree_modified.zip|zipped}})를 풀어서 나오는 Perl script 2개를 작업 디렉토리에 복사한 뒤 실행 권한을 주고 다음 설명대로 활용하기 바란다. ezTree 실행에 필요한 다른 dependency의 설치는 [[https://github.com/yuwwu/ezTree|ezTree GitHub 웹사이트]]를 참조하라. 아마도 나는 conda base environment에 필요한 프로그램을 설치해 둔 것 같다.
  
 51개 //Paenibacillus polymyxa// 관련 균주 유전체 자료 파일({{:bioinfo:ani_r_exercise.zip|zipped}})에 포함된 accessions.txt에 해당하는 유전체 염기서열 파일을 다운로드한 뒤 이를 전부 fasta_230812.51라는 디렉토리에 두었다고 가정하자. 51개 //Paenibacillus polymyxa// 관련 균주 유전체 자료 파일({{:bioinfo:ani_r_exercise.zip|zipped}})에 포함된 accessions.txt에 해당하는 유전체 염기서열 파일을 다운로드한 뒤 이를 전부 fasta_230812.51라는 디렉토리에 두었다고 가정하자.
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   #트리 모델은 JTT를 기본으로 한다.   #트리 모델은 JTT를 기본으로 한다.
   # Ryzen server: /data/apps/ezTree   # Ryzen server: /data/apps/ezTree
-  $ nohup ./ezTree_hyjeong -list list_230812.51 -out run_230812 -thread 30 &+  (base) $ nohup ./ezTree_hyjeong -list list_230812.51 -out run_230812 -thread 30 &
   $ ls -l | grep run_230812   $ ls -l | grep run_230812
   -rw-rw-r-- 1 hyjeong hyjeong 7941159  8월 12 15:49 run_230812.aln   -rw-rw-r-- 1 hyjeong hyjeong 7941159  8월 12 15:49 run_230812.aln
bioinfo/계통수_작성하기.txt · Last modified: by hyjeong