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--- all_about_illumina_sequence_assembly_for_microbial_genomes [2017/10/13 16:59] – [All about Illumina sequence assembly for microbial genomes] hyjeong
+++ all_about_illumina_sequence_assembly_for_microbial_genomes [2021/03/17 13:09] (current) – external edit 127.0.0.1
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   $ sh file_1.sh
   $ sh file_2.sh
+년 5월 현재에는 이렇게 무식한(?) 방법으로 fastq 파일 이름을 정리하지 않는다. 원본의 파일 이름이 밑줄('_')로 구분된 컬럼을 갖고 있고, 그 중에서 만약 첫번째와 네번째 것을 남기고 싶다면 다음과 같이 하면 된다. 네번째 필드는 보통 판독 방향을 나타내므로(R1 or R2), 이어서 _1과 _2로 바꾸거나 혹은 그냥 놔두어도 보통의 프로그램은 다 알아먹는다.
+  $ ls *fastq | while read f
+  > do
+  > cut -d_ -f1,3 $(<<<$f)
+  > done
 ===== FastQC를 이용한 기본적인 QC =====
 여기서 QC라 함은 원본 시퀀싱 데이터 파일(fastq)에 변화를 가하지 않고 단지 quality에 대한 평가를 하는 일을 뜻힌다. 따라서 수치와 도표로 표현되는 보고서가 주된 결과물이다. 매우 널리 쓰이는 QC 도구인 [[https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/|FastQC]]를 다음과 같이 사용하면 하나의 입력 파일 file_1.fastq(.gz)에 대해서 file_1_fastq.html 및 file_1_fastq.zip이 생성된다.
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   $ /usr/local/apps/ngopt/bin/a5_pipeline.pl --threads=24 file_1.fastq.gz file_2.fastq.gz a5-out
 === 2. Mixed mode ===
-교정을 마친 read file을 a5-out.ec.fastq로 명명해 둔다. 원본 파일(file.pe.fq)과 이름을 맞추지 않아도 된다. mixed mode에서 인수로 주어지는 file.pe.fq(염기 교정 전)은 실제로는 scaffolding에만 쓰인다. 따라서 a5-out.ec.fastq를 인수로 주어도 상관이 없을 것이다.
+교정을 마친 read file을 a5-out.**ec.fastq**로 명명해 둔다. 원본 파일(file.pe.fq)과 이름을 맞추지 않아도 된다. mixed mode에서 인수로 주어지는 file.pe.fq(염기 교정 전)은 실제로는 scaffolding에만 쓰인다. 따라서 a5-out.ec.fastq를 인수로 주어도 상관이 없을 것이다.
   $ /usr/local/apps/ngopt/bin/a5_pipeline.pl --threads=24 --begin=2 --end=5 file.pe.fq a5-out