Server installation

(본 페이지는 단순히 참고를 위한 것임; 이미 실습용 서버에는 세팅이 완료되어 있으므로 수강생 여러분께서는 이를 실행할 필요가 없습니다)

• KT cloud, 8 core, memory 64 GB, 600 GB(/DATA)
• Ubuntu 12.04.5 LTS “Precise Pangolin”

apt-get 동작이 원활하지 않아서 repository(/etc/apt/sources.list)를 전부 ftp.daum.net으로 바꾸었다.

• firefox
• evince
• emboss
• gnuplot-x11
• build-essential
• zlib1g-dev
• default-jre
• git
• csh
• ncbi-blast+
• gedit
• xterm
• gv(evince로 postscript 파일을 여는 것이 원활하지 않아서 gv 설치)
• gpicview (eog로 png 파일을 여는 것이 원활하지 않아서 gpicview 설치)

패키지를 직접 다운로드하여 설치한 것들은 /usr/local/Bio에 각각 별도의 디렉토리로 존재함

• a5_miseq_linux_20140604 link
• artemis link
• bowtie2-2.2.6 link (최신 버전은 2.2.7)
• FastQC link
• MUMmer3.23 link
• seqtk link
• ssaha2_v2.5.5_x86_64 link
• velvet_1.2.10 link (make 'MAXKMERLEGNTH=127')
• BioPerl 설치 방법 참조
• /usr/local/Bio/bin에는 기타 파일들이 위치함

$ ls /usr/local/Bio/bin/
fastaSplit.pl  gc_skew.pl  getinsertsize.py  n50.pl  run-mummer4.sh  sff_extract  SolexaQA++

• /DATA/day_2/00_example_data에 각 파트별로 데이터가 존재함
• /DATA/day_2/01_results에 실행 결과물이 있음