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Fastq 파일의 QC

Java runtime 설치 여부의 확인(리눅스)

$ java -version
java version "1.6.0_38"
OpenJDK Runtime Environment (IcedTea6 1.13.10) (6b38-1.13.10-0ubuntu0.12.04.1)
OpenJDK 64-Bit Server VM (build 23.25-b01, mixed mode)
$

기본 사용법

$ /usr/local/Bio/FastQC/fastqc (GUI mode; Xming을 미리 실행해야 함)
$ /usr/local/Bio/FastQC/fastqc BL21-20x_1.fastq BL21-20x_2.fastq [file_3 file_4...]
$ firefox firefox BL21-20x_1_fastqc.html (Xming을 미리 실행해야 함)

* 윈도에서는 run_fastq.bat를 실행하여 GUI 모드로 작업 권장

참고사항