====== Server installation ======
(본 페이지는 단순히 참고를 위한 것임; 이미 실습용 서버에는 세팅이 완료되어 있으므로 수강생 여러분께서는 이를 실행할 필요가 없습니다)
===== H/W and OS info =====
  * KT cloud, 8 core, memory 64 GB, 600 GB(/DATA)
  * Ubuntu 12.04.5 LTS "Precise Pangolin"

===== 프로그램 설치 =====
apt-get 동작이 원활하지 않아서 repository(/etc/apt/sources.list)를 전부 ftp.daum.net으로 바꾸었다.
===== apt-get으로 설치한 것 =====
  * firefox
  * evince
  * emboss
  * gnuplot-x11
  * build-essential
  * zlib1g-dev
  * default-jre
  * git
  * csh
  * ncbi-blast+
  * gedit
  * xterm
  * gv(evince로 postscript 파일을 여는 것이 원활하지 않아서 gv 설치)
  * gpicview (eog로 png 파일을 여는 것이 원활하지 않아서 gpicview 설치)
===== 수동 설치 =====
패키지를 직접 다운로드하여 설치한 것들은 /usr/local/Bio에 각각 별도의 디렉토리로 존재함
  * a5_miseq_linux_20140604 [[https://sourceforge.net/projects/ngopt/|link]] 
  * artemis [[http://www.sanger.ac.uk/science/tools/artemis|link]] 
  * bowtie2-2.2.6 [[https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.2.6/|link]] (최신 버전은 2.2.7) 
  * FastQC [[http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/|link]]
  * MUMmer3.23 [[http://mummer.sourceforge.net/|link]] 
  * seqtk [[https://github.com/lh3/seqtk|link]]
  * ssaha2_v2.5.5_x86_64 [[http://www.sanger.ac.uk/science/tools/ssaha2-0|link]]
  * velvet_1.2.10 [[https://www.ebi.ac.uk/~zerbino/velvet/|link]] (make 'MAXKMERLEGNTH=127')
  * BioPerl [[http://www.bioperl.org/wiki/Installing_BioPerl_on_Ubuntu_Server|설치 방법 참조]]
  * /usr/local/Bio/bin에는 기타 파일들이 위치함
  

  $ ls /usr/local/Bio/bin/
  fastaSplit.pl  gc_skew.pl  getinsertsize.py  n50.pl  run-mummer4.sh  sff_extract  SolexaQA++
===== 실습용 데이터 디렉토리 구성 =====
  * /DATA/day_2/00_example_data에 각 파트별로 데이터가 존재함
  * /DATA/day_2/01_results에 실행 결과물이 있음