====== Prokaryotic genome annotation ======
===== RAST server =====
===== NCBI PGAP (Prokaryotic Genome Annotation Pipeline) =====
===== DOE-JGI IMG =====

===== Prokka =====
위에서 소개한 방법들은 전부 genome sequence를 외부에 보내어서 주석화를 실시하는 것이다. 만약 소중한 나의 유전체 정보가 어디론가 새어나갈것 같은 불안감이 있다면, 리눅스 서버에 Prokka를 설치하여 직접 주석화를 하면 된다.

  * [[http://www.vicbioinformatics.com/software.prokka.shtml|공식 웹사이트]] [[https://github.com/tseemann/prokka|GitHub]]
  * 논문 [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24642063|Prokka: rapid prokaryotic genome annotation]]

나의 서버에는 최소한 두 곳에 prokka가 설치된 상태이다. DB 업데이트도 겸하여 제3의 위치에 git 명령어로 클로닝을 하였다. 클로닝 뒤에는 다음 명령으로 데이터베이스의 색인을 생성한다. 
  $ prokka/bin/prokka --setupdb
다음으로 prokka/bin을 PATH에 설정하는 것으로 실행 준비는 전부 끝난다.

==== Bioconda를 통한 설치 ====
based environment에 설치하면 된다.  --- //[[hyjeong@kribb.re.kr|Haeyoung Jeong]] 2018/08/20 11:00//

==== 실행 방법 ====
Prokka GitHub 사이트의 [[https://github.com/tseemann/prokka#invoking-prokka|Invoking Prokka]] 항목을 참조하라.

  $ prokka --kingdom Bacteria --outdir prokka_180820 --genus Escherichia --locustag LCV --rfam --cpus 24 pilon.fasta

Locus tag을 지정하지 않으면 --outdir로 지정된 디렉토리 안에 같은 이름을 접두사로 하는 파일들이 생긴다.