====== Fastq 파일의 QC ======
===== Java runtime 설치 여부의 확인(리눅스) =====
  $ java -version
  java version "1.6.0_38"
  OpenJDK Runtime Environment (IcedTea6 1.13.10) (6b38-1.13.10-0ubuntu0.12.04.1)
  OpenJDK 64-Bit Server VM (build 23.25-b01, mixed mode)
  $

===== 기본 사용법 =====
  $ /usr/local/Bio/FastQC/fastqc (GUI mode; Xming을 미리 실행해야 함)
  $ /usr/local/Bio/FastQC/fastqc BL21-20x_1.fastq BL21-20x_2.fastq [file_3 file_4...]
  $ firefox firefox BL21-20x_1_fastqc.html (Xming을 미리 실행해야 함)
  
  * 윈도에서는 run_fastq.bat를 실행하여 GUI 모드로 작업 권장

===== 참고사항 =====
  * [[http://edwards.sdsu.edu/cgi-bin/prinseq/prinseq.cgi|PRINSEQ 서버]](local installation 가능)를 이용하여 포맷 전환, 필터링 및 트리밍 등의 기능도 활용할 수 있음 
  * 이외에도 Trimmomatic, Cutadapt, SolexaQA++ 등의 다양햔 QC/전처리 소프트웨어가 공개되어 있음. Software for pre-processing Illumina next-generation sequencing short read sequences([[http://www.scfbm.org/content/9/1/8|Code for Biology and Medicine 2014, 9:8]]) 참고.
  * [[https://www.biostars.org/p/6544/|Question: Selecting random pairs from fastq?]]