====== SNP distance의 계산 ======
Snippy와 prokka 등 유용한 생명정보분석용 프로그램을 개발한 Torsten Seemann은 FASTA alignment에서 SNP distance matrix를 계산하는 유틸리티인 [[https://github.com/tseemann/snp-dists|snp-dists]]를 제공하기도 하였다. 

  $ snp-dists core.aln 
  This is snp-dists 0.6.3
  Read 5 sequences of length 31421
  snp-dists 0.6.3	Af650	Aichi2011	Ehime2011	Fukuoka2010	Ibaraki2007
  Af650	0	7173	9704	4638	4640
  Aichi2011	7173	0	11339	7107	7109
  Ehime2011	9704	11339	0	9966	9968
  Fukuoka2010	4638	7107	9966	0	2
  Ibaraki2007	4640	7109	9968	2	0