====== Prophage 서열 찾기 ======
박테리오파지는 세균의 생존과 진화 과정에 매우 중요한 영향을 미치는 요소이다. 세균의 염색체에 삽입된 박테리오파지의 유전체, 즉 prophage는 주변부의 유전자 발현에 영향을 미치거나 병원성 인자 혹은 항생제 내성 유전자의 전파에도 관여한다. [[https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0223364|ProphET]]([[https://github.com/jaumlrc/ProphET|GitHub]])는 phage genome database의 자체적인 업데이트 기능을 포함하는 standalone 형태의 prophage 예측 도구이다. 2019년도에 출간된 ProphET 논문에 의하면 Prophinder, PHAST, PHASTER 및 PhiSpy 등의 기존 소프트웨어보다 더 정확하다고 한다.

ProphET의 입력물로는 염기서열 FASTA 파일과 GFF 파일이 필요하다. 염기서열의 ID는 두 파일에서 당연히 일치해야 한다. 예측된 prophage의 위치는 OUTDIR/prophages_coords 파일에 저장된다.

  $ ProphET_standalone.pl --fasta test.fasta --gff_in test.gff --outdir test

간혹 GFF 파일이 [[https://github.com/The-Sequence-Ontology/Specifications/blob/master/gff3.md|표준 사양]]에 맞지 않아 에러가 발생하면, [[https://github.com/gustavo11/GFFLib|GFFLib]]의 gff_rewrite.pl을 사용하여 수정해야 한다.

  $ GFFLib/gff_rewrite --input <GFF input> -output <GFF output> --add_missing_features
  
[[https://phaster.ca/|Phaster]] 서버에 GenBank 양식의 파일을 업로드하면 더욱 간편하게 prophage sequence를 탐색할 수 있다.