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2022_microbial_genome_analysis_course_plan

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2022_microbial_genome_analysis_course_plan [2022/03/18 15:34] – [프로그램 설치 과정] hyjeong2022_microbial_genome_analysis_course_plan [2022/03/24 10:18] (current) – [기타 자료] hyjeong
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 기타 프로그램: [[https://notepad-plus-plus.org/downloads/|Notepad++]] 기타 프로그램: [[https://notepad-plus-plus.org/downloads/|Notepad++]]
-==== 프로그램 설치 과정 ==== 
-필요한 프로그램을 설치한 상태로 WSL용 배포본(.tar 파일)으로 제공한다. 다음은 배포본을 만들기 위해 설치한 과정을 순서대로 설명하였다. distro 설치 직후에는 'sudo apt update && sudo apt upgrade'를 가장 먼저 실행하였다. 
-=== apt로 설치한 것 === 
-  * biperl: 2022-03-18 기준으로 무료 399개의 패키지(261 MB)가 추가로 설치되었다. 생명정보학 관련 프로그램이 대량으로 포함되었다. 
-=== 1. conda packages === 
-[[https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html|Miniconda  다운로드 사이트]]에서 [[https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh|Linux 64 비트용 최신 설치파일]]을 내려받아 설치한다. 
-== Base environment == 
-  * ncbi-genome-download 
-  * pyani (mummer, legacy blast 포함) 
-  * fastani 
-  * sra-tools 앞으로는 [[https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/HowTo:-fasterq-dumphttps://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/HowTo:-fasterq-dump|fasterq-dump]] 사용을 권장함 
-  * filtlong 
  
-== zga environment == +==== 배포한 'myUbuntu'의 재작 ==== 
-[[https://github.com/laxeye/zga|zga]] - - prokaryotic genome assembly and annotation pipeline +별도의 위키문서 [[building_myubuntu_distro|myUbuntu distro 제작 및 재설치 과정]]에 기록하였음.
-  (base) conda create -n zga "python=3.6" fastp "spades>=3.12" unicycler checkm-genome dfast bbmap blast biopython nxtrim "mash>=2" flye minimap2 racon "samtools>=1.9" +
-  (base) conda activate zga +
-  (zga) dfast_file_downloader.py --protein dfast --cdd Cog --hmm TIGR +
-  (zga) pip install zga +
-java를 포함하고 있음. 그런데 어느 단계에서 설치되었는지를 모르겠다. conda 환경은 아니다. wsl서 우분투 설치 직후의 상황을 확인해 볼 것. +
-  java -version +
-  openjdk version "1.8.0_312" +
-  OpenJDK Runtime Environment (Zulu 8.58.0.13-CA-linux64) (build 1.8.0_312-b07) +
-  OpenJDK 64-Bit Server VM (Zulu 8.58.0.13-CA-linux64) (build 25.312-b07, mixed mode) +
-=== 2. 기타 === +
-== apt로 설치한 것 == +
-  * bioperl +
-== 기타 == +
-  (base) pip install merge-gbk-records+
  
-https://github.com/chjp/ANI/blob/master/ANI.pl 
- 
- 
-==== 배포판 만들기 ==== 
-[[https://docs.microsoft.com/ko-kr/windows/wsl/build-custom-distro|WSL용 사용자 지정 Linux 배포판 만들기]] 
- 
-Windows Terminal을 열고 다음을 실행한다. 
- 
-  PS C:\Users\jeong> wsl --shutdown 
-  PS C:\Users\jeong> wsl --list 
-  Linux용 Windows 하위 시스템 배포: 
-  Ubuntu-20.04(기본값) 
-  PS C:\Users\jeong> wsl --export Ubuntu-20.04 $env:USERPROFILE\Desktop\my_distro.tar 
-  # 명령 프롬프트에서는 '%USERPROFILE%\Desktop\my_distro.tar'라고 입력해야 한다. 
- 
-==== 배포판 설치하기 ==== 
-[[https://docs.microsoft.com/ko-kr/windows/wsl/use-custom-distro#import-the-tar-file-into-wsl|tar 파일을  wsl로 가져오기]] 
- 
-my_distro.tar 파일을 바탕화면에 두었다고 가정하자. Windows Terminal을 열고 다음을 실행한다. 
-  PS C:\Users\jeong> mkdir C:\wslDistroStorage\myUbuntu 
-  PS C:\Users\jeong> wsl --import myUbuntu C:\wslDistroStorage\myUbuntu $env:USERPROFILE\Desktop\my_distro.tar 
-  # 20분 정도 소요됨 
-  PS C:\Users\jeong> wsl --list 
-  PS C:\Users\jeong> Linux용 Windows 하위 시스템 배포: 
-  Ubuntu-20.04(기본값) 
-  myUbuntu 
-  # 지울 때에는 설치와 달리 순식간에 없어지니 조심하라! 
-  PS C:\Users\jeong> wsl --unregister myUbuntu 
-  등록 취소 중... 
-  PS C:\Users\jeong> wsl -l 
-  Linux용 Windows 하위 시스템 배포: 
-  Ubuntu-20.04(기본값) 
-  # 기본값이 아닌 배포를 선택하여 실행하기 
-  PS C:\Users\jeong> wsl -d myUbuntu 
-  # 임포트한 배포는 관리자 모드로 시작한다. 
-  # 설치 후 일반 사용자('kribb')를 추가하고 기본 사용자로 설정하기 
-  username=kribb 
-  adduser $username 
-  adduser $username sudo 
-  echo -e "[user]\ndefault=$username" >> /etc/wsl.conf 
-  # 재시작 
-  # 배포를 기본값으로 설정하려면 'wsl -s <distro>' 
-   
 ===== 실습 내용 ===== ===== 실습 내용 =====
 ==== Fastq 파일 입수(~50x) ==== ==== Fastq 파일 입수(~50x) ====
Line 237: Line 168:
   * Center for Genomic Epidemiology http://www.genomicepidemiology.org/services/   * Center for Genomic Epidemiology http://www.genomicepidemiology.org/services/
  
 +===== 기타 자료 =====
 +본 강좌에서는 리눅스 사용법을 직접 다루지는 않는다. 인터넷에는 리눅스(또는 유닉스)의 학습을 위한 자료가 정말 무궁무진하고 그 수준도 천차만별이다.
  
 +https://swcarpentry.github.io/shell-novice/
2022_microbial_genome_analysis_course_plan.1647585294.txt.gz · Last modified: 2022/03/18 15:34 by hyjeong