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--- 2022_microbial_genome_analysis_course_plan [2022/03/18 14:41] – [프로그램 설치 과정] hyjeong
+++ 2022_microbial_genome_analysis_course_plan [2022/03/24 10:18] (current) – [기타 자료] hyjeong
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 기타 프로그램: [[https://notepad-plus-plus.org/downloads/|Notepad++]]
-==== 프로그램 설치 과정 ====
-필요한 프로그램을 설치한 상태로 WSL용 배포본(.tar 파일)으로 제공한다. 다음은 배포본을 만들기 위해 설치한 과정을 순서대로 설명하였다.
-=== apt로 설치한 것 ===
-  * biperl
-=== 1. conda packages ===
-[[https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html|Miniconda  다운로드 사이트]]에서 [[https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh|Linux 64 비트용 최신 설치파일]]을 내려받아 설치한다.
-== Base environment ==
-  * emboss
-  * ncbi-genome-download
-  * pyani (mummer, legacy blast 포함)
-  * fastani
-  * sra-tools 앞으로는 [[https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/HowTo:-fasterq-dumphttps://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/HowTo:-fasterq-dump|fasterq-dump]] 사용을 권장함
-  * filtlong
-== zga environment ==
+==== 배포한 'myUbuntu'의 재작 ====
-[[https://github.com/laxeye/zga|zga]] - - prokaryotic genome assembly and annotation pipeline
+별도의 위키문서 [[building_myubuntu_distro|myUbuntu distro 제작 및 재설치 과정]]에 기록하였음.
-  (base) conda create -n zga "python=3.6" fastp "spades>=3.12" unicycler checkm-genome dfast bbmap blast biopython nxtrim "mash>=2" flye minimap2 racon "samtools>=1.9"
-  (base) conda activate zga
-  (zga) dfast_file_downloader.py --protein dfast --cdd Cog --hmm TIGR
-  (zga) pip install zga
-java를 포함하고 있음. 그런데 어느 단계에서 설치되었는지를 모르겠다. conda 환경은 아니다. wsl에서 우분투 설치 직후의 상황을 확인해 볼 것.
-  java -version
-  openjdk version "1.8.0_312"
-  OpenJDK Runtime Environment (Zulu 8.58.0.13-CA-linux64) (build 1.8.0_312-b07)
-  OpenJDK 64-Bit Server VM (Zulu 8.58.0.13-CA-linux64) (build 25.312-b07, mixed mode)
-=== 2. 기타 ===
-== apt로 설치한 것 ==
-  * bioperl
-== 기타 ==
-  (base) pip install merge-gbk-records
-https://github.com/chjp/ANI/blob/master/ANI.pl
-==== 배포판 만들기 ====
-[[https://docs.microsoft.com/ko-kr/windows/wsl/build-custom-distro|WSL용 사용자 지정 Linux 배포판 만들기]]
-Windows Terminal을 열고 다음을 실행한다.
-  PS C:\Users\jeong> wsl --shutdown
-  PS C:\Users\jeong> wsl --list
-  Linux용 Windows 하위 시스템 배포:
-  Ubuntu-20.04(기본값)
-  PS C:\Users\jeong> wsl --export Ubuntu-20.04 $env:USERPROFILE\Desktop\my_distro.tar
-  # 명령 프롬프트에서는 '%USERPROFILE%\Desktop\my_distro.tar'라고 입력해야 한다.
-==== 배포판 설치하기 ====
-[[https://docs.microsoft.com/ko-kr/windows/wsl/use-custom-distro#import-the-tar-file-into-wsl|tar 파일을  wsl로 가져오기]]
-my_distro.tar 파일을 바탕화면에 두었다고 가정하자. Windows Terminal을 열고 다음을 실행한다.
-  PS C:\Users\jeong> mkdir C:\wslDistroStorage\myUbuntu
-  PS C:\Users\jeong> wsl --import myUbuntu C:\wslDistroStorage\myUbuntu $env:USERPROFILE\Desktop\my_distro.tar
-  # 20분 정도 소요됨
-  PS C:\Users\jeong> wsl --list
-  PS C:\Users\jeong> Linux용 Windows 하위 시스템 배포:
-  Ubuntu-20.04(기본값)
-  myUbuntu
-  # 지울 때에는 설치와 달리 순식간에 없어지니 조심하라!
-  PS C:\Users\jeong> wsl --unregister myUbuntu
-  등록 취소 중...
-  PS C:\Users\jeong> wsl -l
-  Linux용 Windows 하위 시스템 배포:
-  Ubuntu-20.04(기본값)
-  # 기본값이 아닌 배포를 선택하여 실행하기
-  PS C:\Users\jeong> wsl -d myUbuntu
-  # 임포트한 배포는 관리자 모드로 시작한다.
-  # 설치 후 일반 사용자('kribb')를 추가하고 기본 사용자로 설정하기
-  username=kribb
-  adduser $username
-  adduser $username sudo
-  echo -e "[user]\ndefault=$username" >> /etc/wsl.conf
-  # 재시작
-  # 배포를 기본값으로 설정하려면 'wsl -s <distro>'
 ===== 실습 내용 =====
 ==== Fastq 파일 입수(~50x) ====
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   * Center for Genomic Epidemiology http://www.genomicepidemiology.org/services/
+===== 기타 자료 =====
+본 강좌에서는 리눅스 사용법을 직접 다루지는 않는다. 인터넷에는 리눅스(또는 유닉스)의 학습을 위한 자료가 정말 무궁무진하고 그 수준도 천차만별이다.
+https://swcarpentry.github.io/shell-novice/